Com o intuito de manter a proximidade com as escolas locais e contribuir para a preservação do património cultural da caça da baleia, o museu estabelece anualmente parcerias com as escolas locais.
Com a EB1/PE com Creche do Caniçal –
Ao logo do ano letivo 2016/2017 foram estabelecidas parcerias entre o MBM e escolas locais, a exemplo do que já vem sendo feito desde o ano letivo 2014/15. Esta parcerias tem sempre o cuidado de estabelecer objetivos e atividades consoante a faixa etária e o ano curricular a que se destinam, assim sendo, a parceria com a EB1/PE/Creche do Caniçal foi dinamizada de duas formas diferentes:
Com os alunos do Pré-escolar (4/5 anos - infantário), o tema desenvolvido prendeu-se com a biodiversidade marinha. A exemplo dos anos anteriores, os alunos deslocaram-se uma vez por mês o museu, ouviram uma história sobre um animal marinho da RAM e fizeram uma atividade de expressão plástica como forma de consolidação e registo da mesma.
Para os restantes alunos (Pré-Escolar ao 4º Ano), vieram uma vez ao longo do ano letivo. Nestas visitas de estudo foram abordados temas do currículo, de acordo com as temáticas das visitas de estudo.
Todas as atividades desenvolvidas no âmbito desta parceria foram gratuitas para os participantes e decorreram de acordo com uma calendarização previamente acordada.
Com a EB2,3 do Caniçal –
À semelhança do ano letivo anterior, o MBM está representado, através de uma das docentes destacas, no Conselho da Comunidade Educativa da EB2,3 do Caniçal. Este conselho reúne uma vez por período para discutir questões inerentes à escola.